Henri 第二次世界大战期间，埃及共产主义运动开始复兴。埃及共产主义运动领导人Curiel认为，这一过程开始于1941年6月（德国法西斯进攻苏联），在1942年2月得到了进一步发展（英国干涉埃及内政，激起了埃及人民的愤怒），在1943年2月达到了顶点（斯大林格勒保卫战取得了胜利）。德国袭击共产主义的祖国激发了每个共产主义者的反法西斯热情，而1942年2月的事件粉碎了许多民族主义者对埃及政府的幻想，他们对华夫托党接受英国政府的最后通牒感到失望。斯大林格勒反击战的胜利给亚非人民留下了深刻的印象，大大提高了共产主义运动的声誉。得益于苏联在反法西斯战争中的表现和贡献，埃及的左派享有了一个相对宽松的政治环境，许多激进的马列主义书籍被解禁，埃及媒体上充斥着对苏联的一片颂扬之声，共产主义活动家Labib认为苏联的胜利"迅速改善了共产主义者的生存环境"。二战期间埃及的工业有了一定的发展，工人阶级的队伍迅速扩大，工会在这一时期也开始合法化，工人组建了许多新的工会。在共产主义者的努力下，劳工运动和共产主义运动的联系得到加强，这就强化了工人阶级的政治意识。而且随着国内国际矛盾的不断加剧，埃及知识分子阶层逐渐激进化，温和的华夫托党的党员数量不断下降，埃及出现了受法西斯思想影响的"青年埃及"组织，在华夫托党内部也出现了准军事化的法西斯组织蓝衫党，伊斯兰极端组织也发展迅速，共产主义运动在埃及复兴也是这一时期知识分子激进化的一个表现，许多学生、知识分子受到了共产主义思想的影响。这些都是促成二战期间埃及共产主义运动复兴的重要因素。
从30年代末到1948年，这一时期的主要的共产主义组织是"民族民主解放阵线"（DMNL）和"新曙光"工人先锋党。埃及的犹太人和其他外国人在重建共产主义组织的过程中发挥了重要作用。埃及犹太人卷入共产主义运动，也跟当时他们的现实处境有密切联系。对于犹太人来说，加入任何法西斯主义或者伊斯兰主义的组织都是不可能的。许多犹太人把共产主义的国际主义视野视为自己公民权利的保证，而这种权利在穆斯林兄弟会或者"青年埃及"掌权后都会受到侵犯，共产主义至少是他们的一种自我保护的意识形态。
在巴勒斯坦战争期间，埃及发布了戒严令，许多共产主义者和知识分子被投入监狱。因为他们同意联合国的巴以分立以及建立一个犹太共和国的决议，共产主义者被指控为犹太复国主义者而遭到镇压。1950年1月，华夫托党重新在埃及执政，共产主义组织又开始恢复元气。在1950到1951年，在强烈的阿拉伯民族主义的影响下，共产主义组织中领导层中的大部分犹太人被驱逐出去。DMNL的两名最杰出的犹太领导人 Curiel 和 Hillel Schwartz被驱逐出境。尽管Curiel流亡到巴黎后仍然是DMNL中央委员会的成员，但他已经不再能够领导党的日常工作了。从1950年开始，除了 Curiel之外，在DMNL中央委员会中没有了犹太领导人。
而由三个犹太领导人Ahmad Sadiq Saad, Yusuf Darwish 和 Raymond Douek建立的工人先锋党（它于1946年被人民解放阵线承认，1949年被人民民主阵线承认，1957年被工农党承认）仍然活跃在共产主义运动中，但到1956年苏伊士战争之后它就变成了一个小派别。Raymond Douek和Ahmad Sadiq Saad这两个人是西班牙裔犹太人，而Yusuf Darwish是圣经派信徒，这三个人除了法文外，都懂得流利的阿拉伯语。因此他们比Curiel and Schwartz等德国裔的犹太人更加埃及化。
埃及共产主义的第三个流派是埃及共产党，埃及共产党于1949年成立。它的主要创立者Fuad Mursi 和Ismail Sabri Abd Allah都是曾留学巴黎的埃及知识分子，而且都是法国共产党的成员。为了避免与后来的埃及统一共产党相混淆，这一派别被成为"旗帜派"（该名字来源于其机关报"人民旗帜"）。这两名创立者主要是想改变之前十五年犹太人和外国人主导埃及共产主义运动的局面，他们的想法得到了法国共产党的支持，法国共产党把"旗帜派"看成是埃及唯一真正的共产主义组织。虽然旗帜派沿用了"埃及共产党"的名字，但它是三个共产主义流派中最小的一个。它几乎完全是一个知识分子的组织，而且在政治上它也不成熟。但1952年纳赛尔发动政变之后，它的支持者开始迅速增加，因为它明确的反对纳赛尔的法西斯军事独裁统治，得到了许多埃及人民尤其是学生群体的支持。而且旗帜派一开始就鲜明地拒绝犹太人加入，所以它没有受到犹太领导人的影响，可以自由的怀疑犹太复国主义，这也是它获得欢迎的一个重要因素（旗帜派是在巴勒斯坦战争之后建立起来的，它对同意联合国的巴以分立决议没有直接的责任，所以它能够在这个问题上接受国际共产主义运动的立场）。1950到1965年间，土著埃及知识分子变成了共产主义运动的主力和领导者，通过理解他们的观点和利益就可以理解共产主义运动的政治轨迹。
1952年7月23日自由军官组织发动政变的时候，DMNL有两千名成员，工人先锋队有不超过三百名成员，旗帜派的成员有近一百人。DMNL支持自由军官组织，把他们看做"民族民主运动"的一部分，这种独特的民族主义定位在纳赛尔统治的初期就开始了。但是这种观点遭到了其他埃及共产主义组织、苏联共产党和亲苏联政党的反对。 尽管DMNL宣布支持新政权，但以纳赛尔为首的最高军事委员会仍然排斥共产主义者。1953年1月后，RCC禁止所有的党派进行活动，查封了DMNL的报纸，在这样的情况下，DMNL不得不反思调整它对纳赛尔政权的政策。然而，1953年9月7日，在Kafr al-Dawwa大罢工中领导罢工的两名工人被处死一周年之后，它才开始对自己以前的政策做了公开的自我批评。
1953年到1955年间，所有的埃及共产主义组织都明确反对纳赛尔的军事独裁统治，这就大大扩大了共产主义运动的群众基础，特别是在学生和知识分子中间获得了许多支持。1955年，RCC开始调整它的外交政策，实行"积极中立"的原则，积极改善和共产主义阵营的关系，比如它和捷克斯洛伐克签署了购买武器的协议。但尽管如此，共产主义者仍然遭到了逮捕和镇压。1955年上半年，750个共产主义者（以DMNL的成员为主）被关进开罗监狱，旗帜派也遭受了重创。但是工人先锋党相对没有受到影响，在这一时期发展较好。
1955年2月，DMNL和六个从它分裂出去的小组织重新合并，组成埃及共产党（UECP）。UECP认为DNMN以前对RCC的支持完全是一种错误，它对纳赛尔政权采取了与之前完全相反的政策。
但是，随着埃及政府外交政策的调整，该党也逐渐转变对纳赛尔政府的立场。1956年3月，UECP采纳了Zaki Murad的报告，该报告认为在纳赛尔领导下，埃及社会已经经历了巨大的变革，已经从半殖民地半封建社会转变为一个独立和民主的新社会。4月，该党发表一份题为"帝国主义是当前的主要敌人"的声明，赞扬纳赛尔的反帝爱国立场，宣布他们将会真诚支持纳赛尔政府，捍卫它的内外政策，反对帝国主义的阴谋。虽然该宣言也批评了埃及政府对民主自由的压制，呼吁纳赛尔释放政治犯，并结束警察对工会的干涉，但是确保民主权利并不是支持纳赛尔政府的前提条件。Zaki Murad的报告和四月声明与这一时期埃及共产主义运动中的主流思想是一致的，那就是使阶级斗争从属于民族解放运动，将民族主义运动与共产主义运动结合起来并作为共产主义者的最低目标。尽管UECP反对政府的不民主，但是它不准备破坏反帝的统一战线。
旗帜派是三个共产主义流派中对纳赛尔的支持度最低的。《人民报》曾经将纳赛尔的万隆之旅描述为为"破产的埃及法西斯主义者到万隆沽名钓誉。"但是在1956年初，它也改变了自己的立场。在1956年3月8日，《人民报》刊载了Khalid的一篇文章，声明支持纳赛尔政府的外交政策。尽管旗帜派不满纳赛尔政府镇压政策，但是他们仍然同意了1956年6月23日提交给全民公决的新宪法
1956年初，出于民族主义政策的支持，所有的埃及共产主义坚定地支持纳赛尔政府，苏伊士运河的国有化进一步加强了这种倾向。一些共产主义者（特别是UECP的成员）以为纳赛尔采纳了整个共产主义外交纲领而感到非常激动，以至于他们根本没有区分共产主义的最高纲领与纳赛尔的民族主义的区别。这被反映在送给监狱的Kharga的一篇文章的题目中"我们是一个执政党"。al-Raya的一名成员Mustafa Tiba和其他狱友，拒绝了这种说法，认为它是夸大其词，确实是这样。
当以色列、法国和英国的武装力量在1956年10月29日袭击埃及的时候，共产主义者团结起来保卫国家。狱中的Kharga 要求被释放出来参加战斗。在11月5日，一个反对英法占领塞得港的人民抵抗运动诞生了。该运动开办了一个地下报纸，组织社区的食物供给和群众抗议，甚至对欧洲军队进行武装袭击。共产主义者和独立左派一起和埃及军队合作，在人民抵抗运动中扮演了主要角色。除了塞得港之外，超过五十个人民抵抗运动也在其他地方建立起来了。
尽管共产主义者在人民抵抗运动中一直保持着民族主义的立场，但他们在群众中的动员能力让埃及政府感到了威胁和不安。警察遣散了人民抵抗运动，几名共产主义者被逮捕。对于共产党主义者来说，他们并不能组织人民抵抗委员会的解散，除非他们准备反对与纳赛尔政权决裂。但是后一种做法并不是一种严肃的选择，因为共产主义组织已经被四年的镇压严重削弱了，而且在苏伊士运河战争之后，纳赛尔的威望达到了顶点，他不仅是埃及，而且是整个泛阿拉伯民族主义的领袖。同时，埃及政府释放了大部分的共产主义政治犯，允许共产主义者出版一份公开的报纸，这个报纸虽然不是共产主义者的官方报纸，但编辑基本上都是共产主义者和共产主义的同情者。
1956年底到1957年，三个共产主义派别在意大利共产党和伊拉克共产党的帮助下，达成了团结统一的协议。1957年6月旗帜派和 UECP合并，组成了短命的埃及统一共产党。在统一会议的筹备期间，旗帜派要求驱逐领导层的埃及犹太人。这样的要求很明显不符合共产主义者最基本的国际主义原则。这种要求提出的背景是当时埃及和以色列处于激烈的冲突之中，阿拉伯民族主义情绪高涨。尽管犹太人退出领导层，但他们可以继续作为党的成员留在党内。工农党一开始拒绝了驱逐犹太领导人的要求。但最终它在这一点上妥协了。
1958年1月8日，除了两个小组织之外，团结了大部分埃及共产主义组织的埃及共产党成立了。新党的最高领导人常委是Abu Sayf Yusuf （前WPCP） Kamal Abd al-Halim（前UECP领导人）和Fuad Mursi （前al-Raya）领导人。政治局由五名成员组成，他们分别来自前三个组织。
1958年2月在纳赛尔主导下，埃及与叙利亚合并为统一阿拉伯共和国。1958年7月14日伊拉克自由军官组织推翻独裁统治，建立了共和国。这两件事对埃及共产党的民族主义政策带来了更大的挑战。所有的阿拉伯共产党和一部分埃及共产主义者，特别是前旗帜派和 工农党的成员，都对UAR持保留意见，因为纳赛尔坚持要给叙利亚强加一党制，这将会使叙利亚共产党陷入非法状态。然而，尽管叙利亚共产党反对埃及和叙利亚的合并，但埃及共产党对此表示支持。
在伊拉克革命之后，卡西姆的新政府和伊拉克共产党结成了同盟，伊拉克共产党是当时伊拉克组织得最好的力量。在这个同盟存在的短暂时间里，与埃及共产党的从属地位相反，伊拉克共产党在伊拉克的民族主义和反帝国主义运动中获得了领导地位。伊拉克共产党支持卡西姆不加入UAR，因为他们担心加入UAR将意味着削弱自己的影响力。
伊拉克共产党对UAR的态度在埃及共产党中间引发了争论，争论的核心是共产主义者到底是否应该支持纳赛尔政权和民族主义以及应该支持到何种程度。尖锐的意识形态分歧导致统一后的党又重新分裂，各个共产主义组织之间的关系更加紧张。伊拉克共产主义者对埃及共产党的分裂持支持态度，因为他们已经认识到前DMNL成员是纳赛尔的主要支持者。
大部分埃及共产党同情阿拉克共产党对UAR的态度，但是前DMNL的政治局成员Shuhdi Atiyya al-Shafii, Kamal Abd al-Halim, Fuad Habashi and Ahmad al-Rifai反对卡西姆和伊拉克共产党的观点和政策，他们在党内处于少数地位。他们的理由是埃及是一个弱小的资产阶级民族主义政权，UAR应该被给予以充分支持。许多前DMNL成员支持这四位政治局领导人，特别是跟 Dar al-Fikr publishing house有联系的知识分子。这部分人中有一些倾向于支持埃及共产党以个人身份加入纳赛尔领导的民族联盟，它是1957年以后唯一的合法政党 。
而党的大部分领导人认为埃及仍然是一个资本主义国家，对政权的支持应该是有限度和有条件的。尽管埃及共产党在开始的时候支持组建UAR ，但大部分领导人现在则支持卡西姆反对纳赛尔。在伊拉克革命后，四个少数派领导人被从CPE中驱逐出去。到1959年初，前DMNL成员跟着他们的领导人从埃及共产党中脱离出来，重新组建他们的组织。
1958年9月，埃及政府试图与CPE多数派和解。民族联盟的秘书长萨达特和CPE政治局的代表Mahmud Amin al-Alim会谈，邀请他们以个人身份加入民族联盟。ALIM提出两党之间的合作应该建立在共同协商的纲领之上，同时应当保留共产主义者在组织上的完整性。他们没有达成协议，导致了政府对共产主义者的大规模镇压。
在1958年12月31日晚上，280名激进的共产党员被逮捕，1959年1月和4月间，接近700名共产党员被逮捕，1959年3月13日，Khalid Muhyi al-Din 和其他12名在 al-Masa的编辑被免职，因为他们拒绝支持伊拉克军官组织反对Qasim的叛乱，这些叛乱分子宣称支持纳赛尔。共产主义和政权结成同盟和公开活动的时代结束了。尽管面临大规模的镇压，共产党希望能继续以和平的方式解决与政府的分歧，党的官方报纸仍然在呼吁政府保持克制，号召所有的民族主义者团结起来。
在监狱中，共产党人仍然努力获取外界的信息，继续文化和政治活动，在恶劣的条件下为基本的人权而斗争。在1959年和1960年间，至少9名共产主义者死在监狱中。其他人也遭到了残酷的拷打，拒绝对他们进行必要医疗服务，并在精神上进行侮辱。1960年6月15日，在 Shuhdi Atiyya al- Shafi被毒打致死，之后监狱的条件有一定程度的改善。尽管存在这些逮捕、毒打和死亡，共产主义者仍然继续表达他们对埃及政府的民族主义立场的支持。对于他们来说，民族主义不是一个简单的情绪表达，而是一贯的政治策略，他们继续把反对帝国主义和争取埃及独立的斗争放在优先地位。
而在此时，埃及地缘政治条件急遽改变。在叙利亚从UAR分离出来之后，1962年7月成立，埃及建立了一个新的政党——"阿拉伯社会主义联盟"。埃及政府颁布了新宪法，承诺要走向"阿拉伯社会主义"。与此同时，苏埃关系开始急遽改善。在伊拉克，卡西姆政权在1963年2月8日倒台，支持阿拉伯社会主义的复兴社会党掌权，而纳赛尔镇压共产党人的最初原因是共产党对卡西姆的支持。在同一个月里，叙利亚也发生了复兴社会党的政变，随着复兴社会党在利叙利亚和伊拉克的相继掌权，泛阿拉伯主义和阿拉伯社会主义的力量迅速膨胀。
所有的共产主义者支持埃及政府的新的经济和社会政策以及国家宪法。埃及共产党曾短暂地认为纳赛尔政权代表了国家垄断资本的利益，但经过一段时间的激烈争论后，它又回到了它1958年末的立场，认为埃及政府的政策开启了向非资本主义发展的路径。而DMNL则认为在埃及掌握政权的是纳赛尔领导的社会主义者，埃及正在迅速向社会主义发展。总之，在1962年和1963年，埃及各个共产主义组织之间的分歧逐渐减少，他们与政权关系越来越近。
在1958年初共产党曾经表达过自我解散的想法，当时的DMNL领导人已经暗示了他们愿意解散自己的组织加入"民族联盟"。即使是在监狱里，DMNL也一直坚定地支持纳赛尔，而且没有认为纳赛尔应该对其领导人的死负责。1952年12月，这种自行解散的想法再次被一个政治局委员Abd al-Azim Anis提出来，号召"团结所有的民族主义和激进的政治力量，当然也包括阿拉伯共产主义者"。许多共产主义者现在相信复兴社会党B、纳赛尔主义者和马克思主义者客观上站在同一立场上，尽管他们的意识形态不同。共产主义者希望纳赛尔能够继续进行反帝斗争，但是不能理解为什么他们作为反帝主义者还要被关进监狱里。
纳赛尔要求共产主义者只有先将自己的组织解散，才能释放他们。而共产主义者则坚持在他们从监狱里释放出来之前拒绝解散。在1964年4月，为了迎接访问埃及的赫鲁晓夫，共产主义者被无条件释放，埃及共产党在一年后自行解散。
埃及共产党是在民族解放运动的大背景下诞生的，埃及的共产主义运动一开始就和民族解放运动交织在一起。很多埃及知识分子卷入共产主义运动，是因为他们认为共产主义可以更好地实现民族解放，他们将民族利益置于阶级利益之上。
第一，组织上的分裂状态削弱了共产主义组织的战斗力和影响力
共产主义组织之间的意识形态的争论、政治策略的分歧以及个人恩怨长期存在，导致埃及共产主义运动一直不能形成一个团结统一的政党。虽然一些主要的组织也曾经试图合并起来，但尖锐的矛盾和分歧又导致党的重新分裂。埃及共产主义者把很大一部分精力用在内部的争论上，这就削弱了共产党的战斗力和影响力。
第二，埃及共产主义者没有提出一个适应埃及国情、能将埃及群众动员起来的政治纲领，也没有深入群众、发动群众。埃及共产主义组织虽然把推翻帝国主义、封建主义的专制统治，实现真正的独立、平等和工业化作为斗争的目标，但一直没有提出一套切实可行的政治纲领和路线策略来实现这一目标。而且埃及共产主义者以一些小资产阶级知识分子为主，他们不了解底层埃及人的生活现实，也没有深入农民和城市贫民中间去组织群众、发动群众，所以其影响力一直局限于开罗等少数城市以及一些城市学生、专家和熟练工人中间，这种狭隘的社会基础限制了共产主义运动的发展。
第三，没有正确的处理好共产主义运动与民族解放运动、国际主义与民族主义的关系。四五十年代的埃及是一个多种矛盾交汇的地区，既有地主阶级和农民阶级、资产阶级和无产阶级的阶级矛盾，也存在着埃及人民与英帝国主义、阿拉伯民族与犹太民族之间的民族矛盾。在民族解放运动的问题上，埃及共产主义者虽然把民族独立和解放作为首要目标，但是一直没有确立自己在民族解放运动中的领导权。在四十年代，尽管华夫托党在对待国王和英国的立场上越来越温和，但它仍然是埃及民族主义斗争的旗帜，在社会各阶层都有广泛的支持者，共产主义者建立一个以自己为核心的反对帝国主义的民族统一战线的目标一直得不到实现，处于比较边缘的地位。五十年代在自由军官组织掌握政权后，埃及共产主义者也没有正确的处理好共产主义运动与民族解放运动的关系，使阶级利益完全服从于民族利益。以DMNL为代表的一些共产主义者把纳赛尔作为民族解放运动的领袖和旗帜，放弃对民族解放运动和反帝爱国斗争的领导权，甚至在纳赛尔的一再镇压之下，仍然对其抱有幻想，直至最后自我解散，这不能不算是国际共产主义运动中的一大悲剧。在阿拉伯民族与犹太民族的民族矛盾问题上，共产主义组织先是同意了联合国的巴以分治计划，极大地伤害了埃及人民的民族感情，导致共产主义者在埃及人民中的声誉和形象受损；而后在埃及本土共产主义者崛起后，又将一些为共产主义运动做出很大贡献的犹太领导人驱逐出领导层甚至驱逐出国，这明显违背了无产阶级的国际主义精神。